印尼历史悠久，爪哇是人类发源地之一。远古时期已有人在此繁衍生息。印尼社会长期处于封建割据状态，先后分为印度教王国和伊斯兰教王国两个时期。
公元一世纪佛教传入印尼,印尼进入印度宗教文化影响时期，公元五世纪出现最早的王国加里曼丹东部的古戴王国和西爪哇的达鲁玛王国，七纪在苏门达腊的巨港出现了东南亚强大的海上王国室利佛逝，十三世纪末，拉登威查雅在爪哇建立了印尼历史上最强大的麻喏巴歇王国，统一了印尼。
十三世纪伊斯兰教传入印尼，十六世纪伊斯兰教王国淡目灭掉麻喏巴歇，印尼进入伊斯兰王国鼎盛时期。1511年葡萄牙人为夺取香料侵入印尼东部马鲁古群岛，西班牙人也接踵而来，遭到爪哇、苏门答腊和马鲁古地区伊斯兰教王国的联合抵抗。1596年荷兰侵入，1602年荷兰在印尼建立了具有政府职能的“东印度公司”。1799年12月底，荷属东印度公司宣布破产。1800年殖民政府取而代之，通称“荷印政府”。1811-1816年英国取代荷兰建立了殖民地政府，英驻爪哇总督莱佛士在当地推行部分自治和废除奴隶贸易，以土地所有制取代荷兰的强迫种植制。1816年后荷兰逐渐恢复对印尼的殖民统治，至1903年征服亚齐，才完全占有整个印尼。期间，印尼各地从未间断反抗荷兰的斗争，其中最著名的有1816-1818年的马鲁古反荷起义、1825,1830年爪哇人民大起义、西苏门答腊的反荷战争、1873-1903年的亚齐战争等。
二十世纪初印尼出现民族觉醒运动。1908年5月20日，印尼第一个有组织、有纲领、有领导的政治组织，即“至善社”宣告成立。1912年伊斯兰协会成立，主张与荷兰合作，进入议会开展斗争。同年,现代穆斯林组织穆罕默迪亚成立，致力于社会和经济改革。1920年印尼共产党成立。1926年印尼共领导民族大起义，遭到荷兰殖民者的残酷镇压。同年传统穆斯林组织伊斯兰教士联合会成立，开始改造穆斯林的社会文化运动。1927年苏加诺等组建印尼民族党，采取与荷兰不合作政策，争取民族独立。1928年10月28日在巴达维亚(即现雅加达)举行的第二届全印尼青年大会上，来自全国各种族，不同语言、宗教和文化背景的青年宣誓要忠于“一个国家，即印度尼西亚;一个民族，即印尼民族;一种语言，即印尼语”。1942年日本侵占印尼。1945年日本投降后，印尼爆发了“八月革命”。